祖師廟創建於清乾隆34(1769)年,在道光13(1833)年時因地震損毀而重建。到1895年時又慘遭日軍焚毀,四年後(1899)在地方士紳籌畫下二度重建。第三次則在臺灣光復後,由藝術家李梅樹先生主導設計規劃,他主張祖師廟該成為一座融合中國歷史、文化和寺廟藝術的廟宇,同時因其本身的西畫素養,使祖師廟又加入了西洋美術的色彩裡供奉的是清水祖師。其生平眾說紛紜,各廟記載不一,若依三峽祖師廟的說法則是:祖師本名陳昭應,為北宋開封府人,因功受封並在福建省安溪縣清水巖建立祠堂,並隱居於清水巖,故稱清水祖師,安溪人則稱其祠為「祖師廟」。

後來安溪人遷移來臺,為求神佛庇佑,於是帶著清水祖師一同前來,並定居於三峽。由於清水祖師顯赫靈驗,多年來祖師廟一直是三峽信仰與社會活動的重心,其在建築、雕刻、繪畫上的表現,是臺灣廟宇中的經典之作。

整座祖師廟乃是以木為頂、以石為基的建築,採五門三殿式的格局,廟頂層層疊疊,每根脊上都有富麗堂皇的裝飾,廟內則無處不雕、無處不琢。其中最精彩的是廟中的石雕、石刻,不論就技巧與手法分析,都是民間藝術之最,其師傅中不乏已列國寶級之人物。

屋頂和屋簷下方的樑架,可說金碧輝煌、琳琅滿目,尤其是人物的雕刻栩栩如生。廟中全以石材為壁,其圖案都以民間故事或歷史典故為題。龍柱為臺灣廟宇最常見之物,但一廟中頂多二、三對,而祖師廟內全部完工時將有156根之多。廟中柱子依主題可分為雙龍柱、單龍柱、花鳥柱及有對聯的圓柱,其中以正殿三對最為精緻。此外,柱礎在鼓身的弧面上,則依諧音雕了許多含吉祥意的圖形如 :螃蟹(甲第)、雙魚 (餘)等。至於龍柱上頭的柱斗,則是刻有希臘柱頭風味的樹葉圖形,顯現了祖師廟中西合璧的特色。銅雕、木雕、石雕是祖師廟最引以為傲,也最特殊之處,大異於一般廟宇的彩繪裝飾,其題材多出自中國民間故事、神話或歷史典故,另外還有許多他處看不到的動物題材。